https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(18)30267-24
Mapování genetických regulačních mechanismů hladkých svalů
koronárních arterií v souvislosti s arteriální koronární nemocí
Koronární arteriální nemoc (KAD) je celosvětově vedoucí příčinou smrti. Genom-wide asociační studie (GWAS) identifikovaly více než 95 nezávislých lokusů které ovlivňují riziko KAD, většina z nich se nachází v nekódujících regionech genomu. Autoři chtěli blíže určit tyto lokusy a vytvořili transkriptomové a celogenomové datesety s využitím hladkých svalů získaných z lidských koronárních arterií (HCASMC) od 52 nepříbuzných dárců. Byly také vytvořeny epigenomické datasety u 8 dárců. Systematickým srovnáváním s dostupnými datasety na GTEx a ENCODE projektech autoři identifikovali transkriptomické, epigenetické a genetické regulační mechanismy specifické pro HCASMC. Autoři vyhodnotili, že HCASMC mohou modulovat riziko KAD. Vytvořením eQTL a GWAS datasetů se autorům podařilo identifikovat 5 genů (SIPA1, TCF21, SMAD3, FES a PDGFRA), které modulují riziko KAD přes HCASMC a mají vliv na vaskulární remodelaci. Porovnáním s daty na GTEx je možné usuzovat, že hlavními rizikovými faktory pro KAD jsou SIPA1 a PDGFRA. Autorům se podařilo nahlédnout do regulace hladkých svalových buněk arterií a jejich zapojení do KAD.
